Alice Kingsleigh (Mia Wasikowska) babasının peşinden 3 yıl denizlerde seyahat ettikten sonra Londra'ya dönmek üzere yola koyulur. Hayatının geri kalanında ne yapacağı konusunda bir fikri yoktur. Bu esnada bulduğu bir sihirli ayna marifeyitle yeniden Harikalar Diyarı'na döner. Alice eski arkadaşlarıyla yeniden buluşur, ancak Çılgın Şapkacı'da (Johnny Depp) bir tuhaflık vardır. Her zamankinden daha asabi bir haldedir. Arkadaşını tekrar eski haline getirebilmek için geçmişe giden Alice, zamana karşı büyük bir mücadele verecektir.