X-Men evreninin en güçlü mutantı olan En Sabah Nur, yani Apocalypse (Oscar Isaac), binlerce yıllık uykusundan uyandığında dünyayı tanınmaz bir halde bulur. Gördükleri karşısında çok sinirlenen Apocalypse, dünyayı tamamen yerle bir edip baştan kurmaya karar verir, bunun için kendine 4 yardımcı bulur: Storm, Archangel, Psylocke ve Magneto. Dünyanın yok olma tehlikesini karşı Mystique, Profesör X ve diğer mutantlar güçlerini birleştirip